Santri putra maupun putri dilibatkan dalam kegiatan keorganisasian. baik putra maupun putri masing-masing mempunyai ketua asrama yang dipilih secara demokrasi setiap satu tahun sekali. Mereka dibimbing dalam menyusun rencana dan pelaksanaan kegiatan santri dalam satu tahun ke depan.
Susunan Organisasi tersusun atas :
Ketua, Wakil Ketua, Sekretaris, Bendahara, Seksi Bidang, dan Anggota.